En esta ocasión, Link, el conocido héroe de Hyrule, tiene que luchar contra el tiempo para resolver el inquietante misterio de la Máscara de Majora. Esta endiablada continuación de Ocarina of Time brilla por sí sola, y presenta una premisa que hace añicos los cimientos sobre los que se crean la mayoría de los juegos. Reviviendo constantemente los mismos tres días y tres noches, Link es capaz de explorar su mundo y relacionarse con otros personajes como nunca antes lo había hecho.
La conspiración, que normalmente está en un segundo plano en los vídeojuegos, es fundamental en Majora's Mask. El argumento deambula por el juego como una criatura viviente, husmeando aquí y allá con el objetivo de alcanzar un conocimiento profundo de la tierra de Términa. Link se desenvuelve bien armado en esta misteriosa aventura, se sumerge cada vez más en las vidas de los personajes cuyo aspecto le es familiar, aunque conocerá también caras nuevas. En un principio Majora's Mask puede resultar perturbador, pero a medida que Link adquiere el conocimiento, el mundo se desvela menos inquietante.
El misterio comienza apenas tres meses después del triunfo de Link sobre Ganondorf en Ocarina of Time. Ahora Link guía a Epona a través de una oscura niebla en busca de su fiel amiga Navi. Para sorpresa de Epona, dos hadas maliciosas surgen de la neblina y hacen que el corcel de Link se desboque espantado. Estas dos hadas resultan ser hermanas, llamadas Taya y Tael. Tan pronto como Link cae al suelo y pierde la consciencia, un Skull Kid emerge de la niebla. Este personaje enmascarado le arrebata a Link la Ocarina e inmediatamente monta a Epona. Link comienza una carrera de persecución, ignorando por completo que no está persiguiendo a un simple Skull Kid, sino a un terrible personaje que posee el poder místico de la Máscara de Majora. Al final de la lucha, Link, sin percatarse, sigue al Skull Kid a través de un poderoso portal que lleva a un universo paralelo.
Esta nueva tierra se llama Términa y, aunque tiene la mayoría de las características y habitantes que Hyrule, es un mundo único que le resulta familiar a Link de una manera un tanto inquietante. Link no tarda mucho en darse cuenta de que no podría haber llegado a Términa en un momento más inoportuno. Allí no sólo se encuentra un Skull Kid dirigido por los poderes ocultos de la Máscara de Majora, sino que la mismísima luna caerá atravesando la atmósfera y destruirá la tierra en tan sólo tres días. Link sabe que no se trata de una mera coincidencia. Antes de que amanezca el cuarto día, Link debe resolver de alguna manera el misterio de la Máscara de Majora y salvar Términa de la terrible amenaza.
Las máscaras juegan un papel fundamental en la aventura de Link en Términa. Al principio de su búsqueda, Link encuentra un viajero procedente de la Tienda de Máscaras Felices. No resulta claro de forma inmediata si este sospechoso personaje está aliado con las fuerzas del bien o del mal, aunque dice ser el propietario legítimo de la Máscara de Majora. Este viajero es el que establece un límite de tres días para las pesquisas de Link, coincidiendo casualmente con el calendario de la caída de la luna. El viajero de la Tienda de Máscaras Felices ofrece a Link su primera máscara, la Máscara Deku. Con ella puesta, Link podrá establecer relaciones con Comerciantes Deku, quienes lo ignorarían en su forma humana.
Cuando Link lleva puesta la Máscara Goron, toma la forma de un Goron llamado Darmani. Goron Link es uno de los Goron más insólitos que hayas visto. Cuando está disfrazado del come-rocas Darmani, Link disfrutará de un poderoso golpe y podrá rodar a toda velocidad convertido en una rueda de pinchos. Cuando Link consigue la Máscara de Zora y se transforma en un Zora, adquiere de forma instantánea la capacidad de desplazarse a toda velocidad por el agua. Como es lógico, muchos de los enigmas de Majora's Mask necesitan que Link utilice las máscaras de transformación indicadas anteriormente. No obstante, existen otras 20 máscaras que pueden ayudarle de otras tantas maneras. Algunas permiten a Link hablar con personajes específicos, mientras que otras le confieren poderes especiales, como la capacidad de correr más deprisa. Por momentos, las posibilidades parecen infinitas.
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